Η Γραμματεία υποστηρίζει τον Μακαριώτατο Αρχιεπίσκοπο Αθηνών και πάσης Ελλάδος και ως Πρόεδρο της Ιεράς Συνόδου της Εκκλησίας της Ελλάδος στην επιτέλεση του κοινωνικού και ανθρωπιστικού του έργου, ώστε να εκμεταλλευτεί το σύνολο των δυνατοτήτων της αποκεντρωμένης οργάνωσης της Εκκλησίας.

Το κύριο έργο της Γραμματείας αφορά κυρίως αλλά όχι περιοριστικά:

Τον ολιστικό - επιτελικό σχεδιασμό της αντιμετώπισης σε εθνικόεπίπεδο, τον ειδικό σχεδιασμό δράσεων και προγραμμάτων για εφαρμογή του επιτελικού σχεδίου για την αντιμετώπιση της ανθρωπιστικής κρίσης, την συνεχή επαφή με τις ευπαθείς ομάδες για την καταγραφή νέων αναγκών και την εμπέδωση της εμπιστοσύνης από τούς ωφελούμενους, την υλοποίηση της διαβούλευσης, του σχεδιασμού των δράσεων με όλους τούς φορείς που δραστηριοποιούνται στην κοινωνική πολιτική (Ιερά Αρχιεπισκοπή Αθηνών, Ιερές Μητροπόλεις, Δήμοι, Περιφέρειες, Κοινωφελή Ιδρύματα, ΑΜΚΕ κ.λπ.), την διαχείριση και κατανομή των διαθέσιμων πόρων για την εξειδίκευση των δράσεων που θα προκύψουν από την διαβούλευση στους φορείς υλοποίησης, την παρακολούθηση της υλοποίησης των δράσεων από τούς αποκεντρωμένους φορείς, την αξιολόγηση των δομών και των φορέων υλοποίησης, με στόχο την αποτελεσματικότερη λειτουργία τους, την αξιοποίηση όλων των προφερόμενων δομών, την αξιολόγηση των δράσεων που θα προκύψουν, τον συνεχή απολογισμό των δράσεων του φυσικού και οικονομικού αντικειμένου, την εκπόνηση ειδικών μελετών που θα καταγράφουν προβλήματα και θα προκρίνουν λύσεις, την παροχή τεχνογνωσίας για την άρτια οργάνωση και υλοποίηση προγραμμάτων (π.χ. διαδικασίες προμηθειών κ.α.), την αξιολόγηση των φορέων υλοποίησης και η κάθε ειδική αποστολή που θα της αναθέτει ο Μακαριώτατος Αρχιεπίσκοπος Αθηνών και πάσης Ελλάδος.