Από 2 Ιουλίου του 2012 έως και τον Ιούνιο του 2015 λειτουργούσε ως δύο Στέγες Υποστηριζόμενης Διαβίωσης (Σ.Υ.Δ.) υπό την αιγίδα της Φιλανθρωπικής Οργάνωσης της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Αθηνών «ΑΠΟΣΤΟΛΗ» αποτελώντας ένα σύγχρονο πλαίσιο ψυχοκοινωνικής αποκατάστασης, το οποίο παρείχε και παρέχει ολοκληρωμένες, ποιοτικές υπηρεσίες εξειδικευμένης επιστημονικής υποστήριξης σε άτομα με νοητική υστέρηση και σύνδρομο Down.

Από την 29η Ιουλίου 2016 το Ίδρυμα "Μαρία Κόκκορη" λειτουργεί επίσης δύο Στέγες Υποστηριζόμενης Διαβίωσης με την επωνυμία "ΤΟ ΨΑΡΑΥΤΕΙΟ" στην περιοχή του Αμαρουσίου (Φ.Ε.Κ. 3683/Τ. Β'/ 15-11-2016). Οι Σ.Υ.Δ. "Το Ψαραύτειο" φιλοξενούν οκτώ άτομα με νοητική υστέρηση σε ένα ζεστό και φιλόξενο χώρο.

Τον Μάρτιο του 2017 τροποποιεί και κωδικοποιεί τον κανονισμό λειτουργίας του Ιδρύματος υπό την επωνυμία, «ΙΔΡΥΜΑ ΠΕΡΙΘΑΛΨΕΩΣ ΑΤΟΜΩΝ ΜΕ ΝΟΗΤΙΚΗ ΥΣΤΕΡΗΣΗ Ή ΣΥΝΔΡΟΜΟ DOWN "ΜΑΡΙΑ ΚΟΚΚΟΡΗ" ΤΗΣ ΙΕΡΑΣ ΑΡΧΙΕΠΙΣΚΟΠΗΣ ΑΘΗΝΩΝ» εποπτευόμενο υπό της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Αθηνών, το κοινωφελές έργο της οποίας συνεχίζει να επικουρεί, υπό την επωνυμία: «ΙΔΡΥΜΑ ΠΕΡΙΘΑΛΨΕΩΣ ΑΤΟΜΩΝ ΜΕ ΝΟΗΤΙΚΗ ΥΣΤΕΡΗΣΗ Ή ΣΥΝΔΡΟΜΟ DOWN "ΜΑΡΙΑ ΚΟΚΚΟΡΗ" ΤΗΣ ΙΕΡΑΣ ΑΡΧΙΕΠΙΣΚΟΠΗΣ ΑΘΗΝΩΝ» και τον διακριτικό τίτλο «ΙΔΡΥΜΑ "ΜΑΡΙΑ ΚΟΚΚΟΡΗ" ΤΗΣ ΙΕΡΑΣ ΑΡΧΙΕΠΙΣΚΟΠΗΣ ΑΘΗΝΩΝ» ή "ΙΔΡΥΜΑ ΜΑΡΙΑ ΚΟΚΚΟΡΗ" (και αγγλιστί "Foundation Maria Kokkori").

Σήμερα, οι τέσσερις Σ.Υ.Δ. λειτουργούν υπό την εποπτεία του Μακαριωτάτου Αρχιεπισκόπου Αθηνών και πάσης Ελλάδος κ.κ. ΙΕΡΩΝΥΜΟΥ Β΄, Προέδρου του Δ.Σ., και τη μέριμνα του Ιδρύματος “Μαρία Κόκκορη” ως στέγες μακράς διαμονής – υποστηριζόμενης διαβίωσης (κλειστή μονάδα) 24ωρης φιλοξενίας, στις οποίες εισάγονται επαρκώς λειτουργικά άτομα. Οι Σ.Υ.Δ. «Μ. Κόκκορη» δύνανται να φιλοξενήσουν και άτομα μεγάλης ηλικίας, κατόπιν σχετικής αξιολόγησης της διεπιστημονικής ομάδας. Για το Κέντρο Ημέρας και τις ψυχοπαιδαγωγικές ομάδες γίνονται δεκτά αυτοεξυπηρετούμενα άτομα 12 έως 30 ετών, αντίστοιχα κατόπιν αξιολόγησης της διεπιστημονικής ομάδας του χώρου. Ο αριθμός των ενοίκων στις Σ.Υ.Δ. και των εκπαιδευομένων στο Κέντρο Ημέρας καθορίζεται με βάση τις άδειες λειτουργίας της κάθε μονάδας, οι οποίες εκδόθηκαν από την αρμόδια εποπτεύουσα αρχή της Περιφέρειας Αττικής (Π3β/Φ.ΓΕΝ/Γ.Π.οικ.3394ΦΕΚ Β 74/29.01.2007-10676/04.11.2011).

Το Ίδρυμα έχει λάβει την ειδική πιστοποίηση ως φορέας παροχής Υπηρεσιών Δευτεροβάθμιας Κοινωνικής Φροντίδας μη κερδοσκοπικού χαρακτήρα με το Φ.Ε.Κ. 1224/τ.Β΄/27-04-2016.