Η «Αποστολή» ιδρύθηκε τον Ιούλιο του 2010 πρωτοβουλία του Μακαριωτάτου Αρχιεπισκόπου Αθηνών και πάσης Ελλάδος κ. κ. Ιερωνύμου Β´ από την Ιερά Αρχιεπισκοπή Αθηνών και το Γενικόν Φιλόπτωχον Ταμείον αυτής. Είναι Αστική μη Κερδοσκοπική Εταιρεία με εθνική και διεθνή εμβέλεια, η οποία δραστηριοποιείται κυρίως στον ανθρωπιστικό, αναπτυξιακό και εκπαιδευτικό χώρο.
Ένα πρότυπο και υπερσύγχρονο Κέντρο φροντίδας για την τρίτη ηλικία, αλλά και συστηματικής εκπαίδευσης και επιστημονικής έρευνας στον τομέα της προνοιακής υποστηρίξεως, φροντίδας υγείας, αντιμετώπισης νόσου Alzheimer και συναφών παθήσεων για ηλικιωμένους, αλλά και για ευπαθείς ομάδες πληθυσμού.
Το «Κέντρο Παιδείας Πολιτισμού & Εθελοντισμού της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Αθηνών “Η Αγ. Φιλοθέη”» είναι ένα νεοσύστατο Ίδρυμα της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Αθηνών, μη κερδοσκοπικού χαρακτήρα. Στο εν λόγω Ίδρυμα ανήκουν και οι Κατασκηνώσεις της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Αθηνών, οι οποίες εγκαινιάστηκαν από τον Μακαριώτατο Αρχιεπίσκοπο Αθηνών και πάσης Ελλάδος κ. κ. Ιερώνυμο Β΄στις 14 Ιουνίου του 2012.
Η Αρχιεπισκοπή Αθηνών, δεδομένης της κοινωνικής ευαισθησίας που ανέκαθεν την διέκρινε και την διακρίνει, με αυξημένα τα αισθητήρια της, προσπαθώντας να ανταποκριθεί στις ανάγκες των ηλικιωμένων και όχι μόνο, δημιούργησε μέσω του Φιλανθρωπικού Οργανισμού «Αποστολή», την Ολοκληρωμένη Μονάδα Αντιμετώπισης Νόσου Alzheimer & Συναφών Παθήσεων «Καρέλλειο», στο Χαλάνδρι Αττικής.
Το «Ίδρυμα Ποιμαντικής Επιμορφώσεως» είναι ένα Επιμορφωτικό και Ερευνητικό Εκκλησιαστικό Ίδρυμα της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Αθηνών. Συνεστήθη διά της της υπ’ αριθμ. 1631/896/28−5−2009 (ΦΕΚ Β’ 1011) Aποφάσεως της Διαρκούς Ιεράς Συνόδου της Εκκλησίας της Ελλάδος, και κατέστη Αυτόνομο Εκκλησιαστικό Νομικό Πρόσωπο Ιδιωτικού Δικαίου μη κερδοσκοπικού χαρακτήρα δια της υπ’ αριθμ. 22/Διεκπ.128/14-1-2015 (ΦΕΚ Β’ 269) Aποφάσεως της Διαρκούς Ιεράς Συνόδου της Εκκλησίας της Ελλάδος.
Με Απόφαση της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Αθηνών, την ευθύνη της λειτουργίας του Πολιτιστικού Κέντρου έχει το Ίδρυμα Ποιμαντικής Επιμορφώσεως. Σε αυτό προγραμματίζονται και πραγματοποιούνται πνευματικές και πολιτιστικές Εκδηλώσεις και Συνάξεις Φορέων, Ιδρυμάτων, Δομών και Ενοριών της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Αθηνών. Επίσης στόχο του αποτελεί η διενέργεια δράσεων και εκδηλώσεων, οι οποίες θα προάγουν τον διάλογο με την κοινωνίαν και θα δημιουργούν προϋποθέσεις για δημιουργικές συμπράξεις και συνεργασίες με φορείς και χώρους εκτός θεσμικών οργάνων και Ιδρυμάτων της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Αθηνών.
Το Ίδρυμα Περιθάλψεως Ατόμων με Νοητική Υστέρηση ή με σύνδρομο Down της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Αθηνών «Μαρία Κόκκορη», ιδρύθηκε ως ίδρυμα μη κερδοσκοπικού χαρακτήρα από την Ιερά Αρχιεπισκοπή Αθηνών. Τη λειτουργία του ξεκίνησε την 1η Μαρτίου του 2007.
Το Κοινωνικό Φροντιστήριο της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Αθηνών σε συνεργασία με δεκάδες εθελοντές εκπαιδευτικών, οργανώνει φροντιστηριακά μαθήματα για μαθητές Γυμνασίου - Λυκείου, καθώς και θερινά τμήματα προετοιμασίας για τις Πανελλαδικές Εξετάσεις, τα οποία προσφέρονται δωρεάν.
Πρόεδρος ο Μακαριώτατος Αρχιεπίσκοπος Αθηνών και πάσης Ελλάδος κ.κ. Ιερώνυμος Β´. Μελη: Αρχιμ. Βαρνάβας Θεοχάρης, Πρωτοσύγκελλος Ιεράς Αρχιεπισκοπής Αθηνών, Πρωτοπρ. Φραγκίσκος Λαβδας, κ. Γεώργιος Θεοδωρόπουλος, κ. Χρήστος Κιούλος.
Τις πύλες του στο κοινό άνοιξε στις 19 Φεβρουαρίου 2017, το Αρχοντικό της Αγίας Φιλοθέης της Αθηναίας (οικία Μπενιζέλου-Παλαιολόγων), ένα από τα παλαιότερα σωζόμενα κτήρια του Κλεινού Άστεως των Αθηνών, ανήμερα της εορτής της Αγίας, με την τέλεση του αγιασμού των εγκαινίων από το Μακαριώτατο Αρχιεπίσκοπο Αθηνών και πάσης Ελλάδος κ.κ. Ιερώνυμο Β’.
Η Στέγη Κατακοίτων Γερόντων της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Αθηνών αποτελείται από δύο μονάδες στις οποίες φιλοξενούνται συνολικά 79 γέροντες/σες.
Η δεύτερη μονάδα με διακριτικό υπότιτλο «Άγιος Παντελεήμων» λειτούργησε μερίμνη του Μακαριωτάτου Αρχιεπισκόπου Αθηνών & πάσης Ελλάδος κ.κ. Ιερωνύμου του Β΄ το Νοέμβριο του έτους 2018 στην οδό Φυλής 160 & Ιθάκης στην περιοχή του Αγίου Παντελεήμονος οδού Αχαρνών.
Ο Μακαριώτατος Αρχιεπίσκοπος Αθηνών και πάσης Ελλάδος κ.κ. Ιερώνυμος Β´, με στόχο την αντιμετώπιση της ανθρωπιστικής κρίσης, η οποία μαστίζει τα τελευταία χρόνια την χώρα μας, προέβει στην ίδρυση του Ιδρύματος - Γραμματεία Καταπολέμησης Ανθρωπιστικής Κρίσης, που έχει τον ρόλο του Εθνικού Εκκλησιαστικού Επιχειρησιακού Κέντρου.
Ο Μακαριώτατος Αρχιεπίσκοπος Αθηνών και πάσης Ελλάδος κ.κ. Ιερώνυμος Β´, προέβει στην σύσταση Αυτοτελούς Υπηρεσίας Διασύνδεσης και Σχέσεων της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Αθηνών με την Ευρωπαϊκή Ένωση, με κύριο σκοπό την αξιοποίηση χρηματοδοτικών εργαλείων της Ευρωπαϊκής Ένωσης (Ε.Ε.) για την ενίσχυση του φιλανθρωπικού, εκπαιδευτικού, πολιτιστικού, περιβαλλοντικού, ανθρωπιστικού και εν γένει κοινωφελούς έργου της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Αθηνών, μέσω της συμμετοχής της σε προγράμματα που χρηματοδοτούνται είτε από τα διαρθρωτικά Ταμεία, είτε απευθείας για συγκεκριμένα έργα που εντάσσονται σε πολιτικές της Ε.Ε. και μετά από πρόσκληση υποβολής προτάσεων.
Το Βαφειαδάκειο Ίδρυμα και η Εκκλησιαστική Διακονία εποπτεύει τον παιδικό σταθμό «Ευαγγελισμός της Θεοτόκου» στο Δήλεσι Βοιωτίας. Ο σταθμός εξυπηρετεί 30 παιδιά, ενώ υπάρχει η δυνατότητα υποδοχής 55 παιδιών. Προσφέρει καθημερινά πρωινό στα παιδιά, ενώ ποικίλλουν οι δραστηριότητες και τα εκπαιδευτικά προγράμματα όπως μαθήματα αγγλικών, ξεναγήσεις σε μουσεία, γυμναστική και άλλες ψυχαγωγικές δραστηριότητες.
Ο Μακαριώτατος Αρχιεπίσκοπος κ. Ιερώνυμος Β΄, θέλοντας να συμβάλλει στην πνευματική ανάπτυξη των κατοίκων της γενέτειράς του, παραδίδει τον Σεπτέμβριο του 2015 στα Οινόφυτα, όλη την προσωπική του συλλογή βιβλίων στεγασμένη σε ένα σύγχρονο και κατάλληλα εξοπλισμένο κτίριο. Σκοπός του είναι να εμπνεύσει την αγάπη για το διάβασμα και την αναζήτηση της γνώσης αλλά και να προσφέρει ένα κοινό σημείο επικοινωνίας, συνεύρεσης δυναμώνοντας έτσι τα δεσμά της τοπικής κοινωνίας.
Το Κέντρο Εκκλησιαστικής Διακονίας ιδρύθηκε το 2008 από τον Μακαριώτατο Αρχιεπίσκοπο Αθηνών και πάσης Ελλάδος κ.κ. Ιερώνυμο και η έδρα του είναι στα Οινόφυτα Βοιωτίας.